在使用论文查重软件时，兼容性问题可能会影响到软件的正常运行和查重效果。为解决论文查重软件的兼容性问题，首先应该确认软件支持的操作系统版本，以及能够识别的文件格式类型。如果发现软件与系统或文件格式不兼容，可以尝试更新软件版本或者转换文件格式。另外，还可以尝试在不同的操作系统环境下进行使用，或者联系软件厂商获取专业的技术支持。

除了确认软件支持的系统和文件类型外，还可以通过设置软件的兼容性模式来解决一些兼容性问题。在Windows系统中，可以右键点击软件图标，选择属性，进入兼容性选项卡，勾选以管理员身份运行或者选择特定的Windows版本模式。这些操作可以帮助解决一些因系统不兼容而导致的问题。另外，定期更新软件版本也是解决兼容性问题的有效途径，因为软件厂商通常会不断优化和改进软件的兼容性。